A 18. században gyorsan terjedő szabadságeszmény hatására sorra alakultak szabadkőműves páholyok Európa országaiban. Bécsben 1742–ben, Lotharingiai Ferenc német-római császár (Mária-Terézia férje) kezdeményezésére alakult meg a „Három ágyúhoz”, („Aux trois canons„) nevű páholy, amely francia nyelven működött. Tagjai között már magyarokat is találunk: gróf Draskovich Kázmért, báró Kemény Jánost, valamint az Esterházy, Bánffy, Festetics, Forgách, Szapáry, Teleki család több tagját is.
Az első két magyar szabadkőműves páholy, „A három oszlophoz” és „A négy holdhoz” Brassóban alakult meg 1749-ben. Majd Brassó példáját gyorsan követte a többi város is, bár előbb csak a végeken: Nagyszebenben, Eperjesen, Kassán, Pozsonyban, Selmecbányán, Besztercebányán, Zágrábban, Glinán és Varasdon szerveződtek humanitárius önképző páholyokba a külföldön tanult hivatalnokok, papok, tanítók és katonatisztek. Ezeknek a páholyoknak többnyire Magdeburgból, Varsóból, Berlinből vagy Bécsből küldtek működésüket törvényesnek elismerő alapító okiratokat (pátenst).
Ez a békés gyarapodás az 1770-es évek elejéig tartott, amikor is öt délvidéki páholy egyesítése alapjaiban változtatta meg a magyarországi szabadkőművességet. Eleinte gróf Draskovich János, a glinai és a zágrábi páholyok főmestere, valamint gróf Niczky István, a varasdi, a körösi és az eszéki páholyok főmestere pusztán csak saját páholyaikat akarták nagypáholyban egyesíteni, s ehhez Bécsből és Prágából kértek alapító leveleket. De mert a prágai nagypáholy formai hibák ürügyén visszadobta kérvényeiket, úgy döntöttek, hogy egyesülve független nagypáhollyá alakulnak, és 1775 október 22-én megalapították „A magyar korona alá tarozó megyék Szabadság Páholyának Rendjét” („Latomia Libertatis sub Corona Hungariae in Provincia Reductae”). Saját alkotmányt dolgoztak ki, amely Draskovich-szisztéma néven vált ismertté, s rövid idő alatt szinte valamennyi magyarországi páholy ezt a rendtartást követte. „A szövetség fő célja: a Magyar Királyságban összegyűjteni és kiképezni olyan józan gondolkodású, nemes szívű és köztiszteletben álló férfiakat, akik belső buzgalommal kötelességüknek érzik előmozdítani mindazt, ami az emberiség javát szolgálja.” (Részlet az 1775-ös Draskovich —Niczky féle Szabadság-rend alkotmányából.)
Így aztán Bécs is, Prága is, kénytelen-kelletlen törvényesnek ismerte el a magyar alapítású Rendet. A páholyok sikeres működését egy időre ugyan megzavarta II. József 1785-ös korlátozó rendelete, de az 1790-ben trónra lépő II. Lipót, aki maga is szabadkőműves volt, a pesti „Nagyszívűséghez” címzett páholy tagjait bízta meg az országgyűlési reform-törvények kidolgozásával. Ez meg is történt, de mire az 1792-es országgyűlés összeült, a király meghalt, ezért a törvények megszavazását elnapolták. Aztán 1795-ben, a magyar jakobinus mozgalom elfojtása után I. Ferenc a Magyar Királyságban és az Osztrák Örökös Tartományokban betiltotta a páholyok működését.
A következő hetvenhárom év a hosszú illegalitás időszaka a magyarországi szabadkőművesség történetében. Néhány vidéki kúriában (például Balatonfüreden Pálóczy Horváth Ádámnál), vagy Dégen (gróf Festetich Antal kastélyában) évente egyszer-kétszer tartottak ugyan összejöveteleket, de ezek, mint az őrláng, éppen csak életben tartották a Szabadság — Egyenlőség — Testvériség eszméjét. Sikeresen, hiszen a fiak nemzedéke az 1825-ben kezdődő reformországgyűléseken 1848-ig szép sorban megszavazta az elnapolt törvényeket. (A jobbágyfelszabadításról, a vám és a kereskedelem szabályozásáról, az ipar felkarolásáról, az úthálózatról, a hajózásról, a Nemzeti Múzeum és a Tudományos Akadémia létrehozásáról, a Lánchíd megépítéséről, stb.)
Az 1848-49-es forradalom és szabadságharc leverése után az emigrációba kényszerült katonai és polgári vezetők jelentős részét Párizsban, Londonban, Milánóban, vagy az amerikai Cincinnatiban vették föl a helyi szabadkőműves páholyokba, sőt 1863-ban Klapka György, Horváth Mihály és Puky Miklós Genfben „Ister” (Duna) néven önálló páholyt is alapított. A közelgő kiegyezés hírére ezek a vezetők (Kossuth kivételével) hazajöttek. Az I. Ferenc József által magyar miniszterelnöknek felkért Gróf Andrássy Gyula azzal a feltétellel vállalta a kormányalakítást, hogy a király Magyarország területén engedélyezze a szabadkőműves páholyok működését. Két különböző rend is páholyt alapított: 1868. október 27-én megalakult az „Egyezség a hazában” nevű páholy, melynek főmestere Pulszky Ferenc lett; 1869. május 23-án pedig a „Corvin Mátyás, az igazsághoz” nevű páholy, főmestere Türr István.
Az 1868 és 1918 közötti ötven év nemcsak a magyar polgárosodásnak, de a magyarországi szabadkőművességnek is a fénykora volt, több tucat páholy jött létre. Egymástól nem függetlenül, sőt egymást erősítve: miniszterelnökök, miniszterek, a gazdasági és a szellemi élet kiválóságai alkották a páholyok vezetését. Így a szabadkőművesség egyik alapfeladata, a jótékonykodás is nagyobb léptékű volt, mint korábban (és később is) bármikor. Egészségügyi, oktatási és közbiztonsági intézmények sora létesült a páholyok felajánlásával; abban az ötven évben az ország behozta kétszáz éves lemaradását, Budapest európai nagyváros lett. A különböző szabadkőműves páholyok számos fontos társadalmi újítást és intézményt teremtettek és jótékonysági tevékenységet folytattak (mentőszolgálat, siketek és vakok intézete, leányanyák otthona, ingyen konyhák, országos könyvtárszolgálat, gyermekvédelmi szervezetek, stb.)
Az első tizennyolc évben egymással versengve alakultak országszerte a két külön szertartásrendbe tartozó páholyok: a Jánosrendű páholyok és a Skót szertartású Nagyoriens páholyok, attól függően, hogy alapítóik külföldön melyik rend páholyához tartoztak, és honnan kaptak alapítólevelet. Majd hosszas egyeztetés után 1886-ban a két Rend egyesülésével megalakították a Magyarországi Symbolikus Nagypáholyt, amely lépés nemcsak akkor volt egyedülálló cselekedet, de ma is elképzelhetetlen. (A külföldi nagypáholyok, ismét csak kénytelen-kelletlen, azért ismerték el a két Rend egyesülését, mert az Osztrák-Magyar Monarchia területén — szinte egész Közép-Európában — csak Magyarországon működhettek páholyok; az osztrák tartományokból is ide jártak titokban a szabadkőművesek.) A magyar nagypáholy hazai és külföldi elismertségét jelezte, hogy amikor 1896-ban, a millenniumi ünnepségsorozat részeként fölavatták a Podmaniczky utcai tekintélyes páholyházat, Ferenc József mellett hatvannyolc külföldi nagymester vett részt az avatáson.
Az első világháború után nemcsak az ország állapota, de a szabadkőművesek helyzete is megváltozott. Minthogy a szabadkőművesség természetes ellenfele a diktatúráknak, előbb 1919-ben a tanácskormány, majd 1920-ban a horthysta kormány belügyminisztere tiltotta be a páholyok működését. A nagy páholyházat lefoglalták, félkatonai szervezeteket telepítettek bele; a megmaradt hazai szabadkőművesek fedőszervezetekben (Rotary Club), vagy az utódállamok egykori magyar páholyaiban, Ausztriában, Csehszlovákiában, Romániában dolgoztak. Közben itthon megindult a bűnbakképzés: a háború elvesztéséért, az ország megcsonkításáért többek között a szabadkőműveseket is felelőssé tették.
A II. világháború végén, 1945 áprilisában az Ideiglenes Nemzeti Kormány belügyminisztere (Erdei Ferenc író, szociológus) engedélyezte a páholyok működését, a megmaradt szabadkőművesek helyreállíthatták és újra birtokba vehették a Podmaniczky utcai páholyházat. A Supka Géza, majd Benedek Marcell nagymesterek irányításával újrainduló régi páholyokba nagy számmal vettek fel írókat, képzőművészeket, operaénekeseket, színészeket, orvosokat, de az erősödő rákosista diktatúra 1950-ben ismét illegalitásba kényszerítette a szabadkőműveseket. A nagy páholyházat a belügyminisztérium foglalta el. Többé-kevésbé szabályos páholymunkát csak éttermek különtermeiben, vagy magánlakásokban lehetett folytatni. Az 1956-os forradalom utáni emigráció számos tagja, akárcsak száz évvel korábban, nyugat-európai vagy tengerentúli páholyokban lett szabadkőműves.
Negyven éves újabb „sivatagi vándorlás” után az 1989-90-es rendszerváltás társasági törvénye tette lehetővé a páholyok felélesztését. A külföldön fölavatott (és újra két külön rendhez tartozó) szabadkőművesek 1989-ben újraélesztették a Magyarországi Symbolikus Nagypáholyt, majd a párizsi emigránsok 1992-ben a Magyarországi Nagyoriens rendet; mindkettő több páholyt egyesít. 1991-ben alakult meg a Le Droit Humain (Emberi Jog) nemzetközi vegyes szabadkőműves rend Belga Föderációjának kezdeményezésére a „Tolerancia és Testvériség” nevű első magyar vegyes páholy. 1992-ben pedig a Francia Női Nagypáholyhoz tartozó „Napraforgó” nevű női páholy.