A szabadkőművességnek különböző irányzatai léteznek, ezeket rendeknek nevezik. A rendek autonóm szervezetek, rituális hagyományaik tekintetében eltérhetnek, de legfőbb értékeik azonosak. Az egyes rendekben a szabadkőművesség legfelsőbb szuverén szervezeti formája a nagypáholy. Fennhatóságának területe általában megegyezik a számára otthont adó állam területével. A nagypáholy élén a határozott időre választott nagymester áll, a nagypáholy többi tisztségviselőjét ugyancsak választják. A nagymester jogosult címét a profán életben is használni, ha nem bánja, hogy ezzel felfedi szabadkőművesi szerepvállalását.

A szabadkőművesség szervezeti alapegysége a páholy. A nagypáholyi alkotmány biztosította keretek között a páholy bizonyos autonómiát élvez: tisztségviselőit, így vezetőjét, a főmestert is saját tagjai közül, határozott időre (általában 3 évre) választja.

A Tolerancia és Testvériség páholy egyelőre az egyetlen magyarországi vegyes páholy („úttörő páholy”), nem tartozik szervezetileg a többi magyar rendhez. Mivel a Le Droit Humain Nemzetközi Vegyes Szabadkőműves Rend tagja, közvetlenül a nemzetközi rend Párizsban székelő Legfelsőbb Tanács védnöksége alatt dolgozik. A Le Droit Humain az egyetlen valóban nemzetközi szabadkőműves rend, a párizsi központhoz tartoznak az egyes országok nemzeti föderációi, juriszdikciói vagy úttörő páholyai. A Le Droit Humain Nemzetközi Rend felépítése komplex: a föderáció önálló nagypáholyi szintű, általában nemzeti keretekben szervezett, sok páholyt magába foglaló szervezet. A juriszdikció a fejlődés egy korábbi fokán álló, csak néhány páholyt magukba foglaló szervezet, míg egy úttörő páholy az adott országban egyedül működő páholy.

A páholyok, juriszdikciók és nemzeti föderációk egymással széleskörű kapcsolatokat ápolnak. Gyakoriak a testvérpáholyi avagy ikerpáholyi kötődések, egymás munkáinak látogatása, közös munkák tartása és az online és offline kapcsolatok.